Из FAQ хостинговой компании, заявляющей о себе «самый удобный украинский хостинг»:
Вопрос: Почему, я не могу удалить файл/папку с ФТП, получаю ошибку, что доступ запрещен?
Ответ: Возможно, данная папка или файл была создана через http. По этой причине владельцем данного файла является пользователь apache (80), а не Ваш ФТП пользователь. Для того чтоб вернуть права ФТП пользователя на файл/папку необходимо написать запрос на support@******.com.ua указав логин Вашего хостинг аккаунта, и адрес папки для которой нужно вернуть права.
Очень удобно, не правда ли?
Удалить папку, вероятно, можно, запустив другой скрипт, от того же пользователя, который её создал. Только вот не хочется исследовать, какие ещё заморочки там имеются. Буду рекомендовать клиенту сменить хостинг.